肛瘘多数是因为直肠肛管周围产生的脓肿现象所引起的，为化脓性感染所致，少数为特异性感染。
那就目前来说公认的主要有以下的三个原因。
1、肛周脓肿：很多患者在出现了肛周脓肿的时候，没有及时治疗，导致形成肛瘘。也有可能是肛周脓肿经肛周皮肤行脓肿切开引流术后，该切口形成外口或自行破溃，可导致肛瘘。而且脓肿形成肛瘘的几率大概在95%左右。
2、细菌感染：我们知道肛管直肠部位是人体排泄大便的重要通道，在这个通道当中细菌是非常多的，而且非常容易侵入肛肠组织中，比如肛隐窝、肛门腺导和肛门腺体，一旦细菌、病毒侵入就会造成肛门部位的感染、发病，处理不及时就会逐渐形成脓肿、破溃，成为肛瘘。
3、直肠肛门损伤、外伤：如果患者不小心误食了一些硬物的话，硬物经过消化道进入了肛肠当中，将肛肠刺伤、刺破，就会导致细菌侵入患者的肛门，伤口处就会引起肛周脓肿，如果感染之后治疗不及时的话，是会导致肛瘘疾病发生的。
西安道生中医在此提醒大家，在了解肛瘘的形成原因之后，平日我们要多注意肛门的卫生，以免引发肛瘘。如果发现肛瘘的症状，及时去医院检查确诊!