秦琼有没有参与李世民发动的那场弑兄屠弟逼父的玄武门之变？这个问题一直很有争议：如果秦琼参加了，为何李世民称帝后，秦琼和程咬金都没有加官进爵？如果秦琼没有参加，为何新旧两唐书都说秦琼“从诛建成元吉”？
要回答这个问题，我们要从“论功行赏”四个字入手，看看秦琼的爵位为什么止步于国公而没有晋升郡王——在唐朝，异姓封王是寻常之事，就连李勣的父亲李盖，也差点被李渊封为王爵：
“诏授黎阳总管、上柱国，莱国公。封其父盖为济阴王，盖固辞王爵，乃封舒国公。”
在唐朝，国公的品级跟郡王一样（都是从一品），只是在勋位上稍逊一筹，一个是三等爵，一个是二等爵。国公秦琼只要立下足够的功劳，是可以稍微往前挪半步成为郡王的——如果他在玄武门真出力，就有可能攒够功劳。
史书不可不信，也不可全信，作为当时大唐第一勇将，秦琼无疑是各方拉拢的对象，同时秦琼在民间声望极高，说他参加了玄武门之变，也可以为那场无情之战增光添彩。
我们综合分析两唐书，就会发现很多蹊跷之处：如果秦琼在玄武门前与尉迟敬德并肩作战，就能受封郡王，可事实上是秦琼没有进爵郡王，就连他高大上的翼国公称号也变成了不伦不类的胡国公，食邑更是锐减到七百户，程咬金跟秦琼一样，都被改了国公称号，也都削减了食邑。
秦琼从翼国公变成胡国公，程咬金从宿国公变成了卢国公，这兄弟俩的称号，合起来就是一个“葫芦”，这在当时有不清不楚“葫芦提”的意思。
秦琼和程咬金都是唐高祖李渊册封的国公，而按照《唐六典·尚书吏部》的记载，李渊当时给诸位国公的食邑是三千百户：
“武德（李渊年号）初，以司封郎中为主爵郎中，掌邦之封爵。凡有九等：一曰王，正一品，食邑一万户；二曰郡王，从一品，食邑五千户；三曰国公，从一品，食邑三千户……”
李世民发动玄武门之变，参与者基本都晋升为国公，食邑不够分了，他就想出了一个新名词“食实封”，也就是名义上你有三千户食邑，但实际上只给你七百户，于是秦琼和程咬金每个人都要拿出两千三百户来分给长孙无忌、房玄龄、杜如晦、尉迟敬德、侯君集等人——这些“玄武门干将”中，原本是以上党县公长孙无忌爵位最高，其次是全椒县子侯君集，其他所有人都是“白身”，也就是没有任何爵位和食邑。
玄武门之变后，长孙无忌从上党县公变成了食实封一千三百户的齐国公，虽然减了两百户，但是他在被赐绢万匹的同时，还荣升吏部尚书、尚书右仆射，成了一品宰相，又多了一份丰厚俸禄，一点亏都没吃。
至于房玄龄杜如晦尉迟敬德，原本一户食邑都没有，忽然一下子变成了食邑一千三百户的国公，简直是一步登天，尉迟敬德同时还获得了齐王元吉的全部家产，可谓一夜暴富。
为什么这些人加官进爵而秦琼程咬金爵位不动而食邑削减，我们只需连续翻看《旧唐书》列传第十五、第十六、第十八，就能找到答案：
“六月四日，无忌与尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九人，入玄武门讨建成、元吉，平之。”“论功行赏，以玄龄及长孙无忌、杜如晦、尉迟敬德、侯君集五人为第一。”“尉迟敬德，赐爵吴国公，与长孙无忌、房玄龄、杜如晦四人并食实封千三百户。”
如果当时的翼国公秦琼、宿国公程咬金也进了玄武门，那肯定是要排在白身尉迟敬德、子爵侯君集之前的。
比照参与人员参战前的官爵和战后受到的封赏，我们就会发现长孙无忌升了两级（从第五级从二品县公升为第三级从一品国公）、侯君集升了五级（从第八级正五品县子升为第三级从一品国公），至于其他人那就更不用说了，他们等于从泥潭里爬出来直接上了金銮殿。
新旧两唐书对长孙无忌、尉迟敬德等人的功绩大书特书，但是对秦琼和程咬金却是一笔带过：
“（秦琼）从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。”“（程咬金）从太宗讨建成、元吉。事定，拜太子右卫率，迁右武卫大将军，赐实封七百户。”
看过新旧两唐书的读者都知道，秦琼和程咬金是当时数一数二的勇将悍将：秦琼单挑无敌，程咬金被马槊洞穿身体，还能撅断马槊反杀追兵。
如果秦琼和程咬金出现在玄武门，那肯定是所向披靡，根本就轮不到尉迟敬德和张公瑾大显身手——李世民差点被人家包了饺子，秦琼和程咬金不见踪影，张公瑾苦苦支撑：
“公谨与长孙无忌等九人伏于玄武门以俟变。及斩建成、元吉，其党来攻玄武门，兵锋甚盛。公谨有勇力，独闭门以拒之。”
史实讲究孤证不立，玄武门追随李世民的头目只有十人，这样的记载不下十处，但是没有一个名单中有秦琼和程咬金的名字。
实事求是地说，程咬金前期也跟着掺和了：
“武德七年，建成忌之，构之于高祖，除康州刺史。知节白太宗曰：‘大王手臂今并翦除，身必不久。知节以死不去，愿速自全。’”
因为曾经向李世民表过忠心，所以程咬金也得到了补偿：
“事宁之后，颁乎大赉，赏绢六千匹、骏马二匹、并金装鞍辔及金胡瓶、金刀、金碗等物，加上柱国，授东宫左卫率。寻拜右武卫大将军。”
上面这段文字，不见于新旧两唐书，而见于《大唐故骠骑大将军卢国公程使君墓志》，这篇墓志铭是瓦岗军李密的秘书（记室）、李世民秦王府十八学士之末、《武德实录》《贞观实录》作者编写者、唐高宗李治朝礼部尚书许敬宗所撰，应该比较可信。
这就是说，玄武门之变后，程咬金虽然没有加官进爵，但也没少捞东西，特别是他得到了秦琼一样的金酒瓶、受封上柱国，也算是他那番忠心话没白说。
反观秦琼后人墓志铭，对秦琼在玄武门之变后受赏实物只字不提，摆明了是啥也没得到。
更为重要的一点，是秦琼在玄武门之变后就称病在家，而且这一“病”就是十二年——被他打得啥也不像的尉迟敬德、曾被马槊洞穿身体的程咬金，一个个活蹦乱跳，只有秦琼窝在家里不问世事，这就不能不让人产生了这样的怀疑：多严重的战伤十二年都养不好？秦琼是真的重病难起，还是对李世民软禁李渊心怀不满，所以才采取了消极不合作的态度？