北齐建隋中叶，一群西洋武士涌入了甘凉，杀人放火，无恶不作。当时王家堡的奇女子王仙儿组织本村村民杀敌自保。因其作战勇猛，威震甘凉，这支队伍遂被称作黑衣团。
可是隋末乱世风云，诸侯崛起，烽烟战火，隋炀帝无法控制局面；中原的各地军阀就让杨广十分头疼，更不要说边陲之地的甘凉地带了。俗话说：天高皇帝远，黑衣团首领王仙儿在经营着自己的事业，在甘凉成了一方的霸主。
随着黑衣团的势力越来越大，王仙儿麾下不仅有附近各地方归附的正规部队，更收留了很多被俘的西洋武士。那么这些西洋武士是哪些人呢？主要是就是当时的波斯人和大食人，可能也间杂一些突厥人。
要管理这支队伍很不容易，而王仙儿又是个行事极端，且仇视男人的怪僻女子，于是，她将自己的名字改为铣，组成了黑衣团的核心力量——黑色玉女军。在王铣的带领下，黑衣团彻底控制了甘凉地区；你要知道甘凉地区非常重要，它是丝绸之路的重要枢纽。
王铣在甘凉地区的影响力，迫使已经日暮西山的隋炀帝杨广，封王铣为甘凉王，统治甘凉地区。可是好久不长，大唐一统天下，唐太宗派人前来说服王铣投降，可是被拒绝。于是大唐的军队开到边关，和黑衣团开战，在强大的唐军面前，黑衣团很快就分崩离析，被迫逃往黑暗之山。
在这个关键时刻，黑衣团中有良知的一些人，带领部下反正，劝说王铣向唐军投降，王铣决不投降；最后黑衣团被唐军和起义的部队联合歼灭；王铣战死，黑衣团大部分人全部战死，只有少部分逃离。这个有良知的人就是王肖恩；后来成为朝廷的勋官，被封为归义伯。
王铣能够统治整个凉州，并且能让隋炀帝被迫封其为甘凉王，还能和鼎盛的大唐军正面硬刚；那么鼎盛时期的的黑衣团，相当于一支正规军，已经有地方军阀的实力了，总兵力起码有好几万人。只不过后来在强大的唐军面前，一部分接受朝廷诏安，一部分成立了黑衣社；然而留下来成为黑衣社的也就几千人马。
黑衣社成立以后，依然和朝廷作对；当然他们面对的不是朝廷大军，而是归义伯王锴的先人，规模不是很大；这其中双方都应该有牺牲的，只是后来实力进一步削弱，不得已在转移到地下网道暗战。
在《神探狄仁杰》第三部，黑衣社案子的时候是武周天下，距离太宗时期差不多有八十年了；八十年的时间黑衣社的人马并没有壮大成诸侯，毕竟大唐盛世，边陲有大军驻守，自然是掀不起什么风浪的。但是黑衣社依然很厉害的，最重要的是把甘凉地区的老百姓驾驭住了；当地的老百姓都信奉黑衣天王庙。李元芳在凉州长大，并且还在凉州军中服役，居然没有听说过黑衣社；曾泰身为凉州刺史，也只是知道当地老百姓信奉黑衣天王庙，其他的一概不知。
唯一知道黑衣社的，恐怕也就是王锴兄弟，王锴继承祖辈的遗志，和祖先一样非常痛恨黑衣社。曾经暗中组织过人马和黑衣社对抗，此外他还向朝廷上奏过黑衣社的情况，请求朝廷派兵来镇压。
虽然黑衣社没有达到成为军阀的地步，但是暗中扩张得非常迅速的。黑衣社利用大地动造成的沙漠风暴，劫夺左龙武卫铁甲军押运的五百万两饷银，由此引发了震惊朝野的凉州奇案。他们的目的还是为了称霸甘凉地区，搞割据势力，希望成为王铣那样的人物。
可惜的是他们遇到了狄仁杰，也许是他们的命中克星；狄仁杰侦破案情，黑衣天王和手下薇儿一起服毒自杀；黑衣社彻底覆灭。
可笑的是王仙儿行事极端，且仇视男人的怪僻女子；但又和王肖恩是情人关系；她更没有想到的是最后投降朝廷的也是他的情人。她的衣钵在百年后，也算是毁在她情人的后人手中 ；因为王锴将自己所知的告知狄仁杰，为打败黑衣社贡献了一份力量。