大唐禁军制度起源于西魏、北周、隋朝以来的“府兵制”。西魏以六柱国十二大将军领兵，统管国内平时耕种土地、农隙时训练、作战时从军出征的自耕农，并配合“均田制”，给予出征作战的军士按户籍和功劳授田，将“耕战制度”发挥得淋漓尽致。这也是北周、隋朝能够消灭北齐、南陈，一统华夏的重要原因所在。
府兵制的基层组织在西魏、北周称为“军府”，长官为“开府、仪同”，在隋朝称为“骠骑府”或者“鹰扬府”，长官称为“骠骑将军、鹰扬郎将”。至唐朝立国后，将府兵制发扬光大、推广到天下诸道，其名称改为“统军府”，长官称“统军”。贞观十年（635年），唐太宗正式改基层府兵组织为“折冲府”，长官为“折冲都尉”，此后这一名称保持了上百年，直至天宝八载（749年），唐玄宗下诏停止折冲府上下行文鱼书、不再调派军士入卫作战为止。唐玄宗开元年间以后，虽然“折冲府”的名称和“折冲都尉”的官职还在，但都是虚置虚衔而已，“府兵制”逐渐被“募兵制”所代替，走到了衰亡的尽头。
唐代的折冲府，最多时有八百府，一般时也有六百多府，其中关中就设置了二百八十多府，河东也有一百六十多府，这两个地方的折冲府数量几乎占全部折冲府的一半，这也是唐朝“举关中之众以临四方”和“内重外轻”军事思想的体现。
要统率数量如此众多的折冲府军士，单凭皇帝本人或者兵部官吏是万万管不过来的，而“折冲都尉”只是管理“府兵”们的在乡军籍、训练，不能管理“府兵”们宿卫长安时的行动，更没有作战时的军事指挥权。因此唐太宗将天下折冲府都归置为中央禁军十二卫遥领，在府兵“番上宿卫”长安时加以统领，而有作战任务时则由皇帝任命的行军总管、行军元帅加以指挥，如此一来，府兵组织上下有序、行动迅捷，皇帝可以自上往下轻松指挥、驱使，使得大多由府兵组成的唐军实力强悍、作战勇猛、四方征战所向披靡，将大唐的旗帜插遍了周边四域。
大唐禁军十二卫在不同时期有着不同的军号、府号名称，这里采用高宗龙朔二年（662年）改定百官名号时所制定的十二卫称谓，加以介绍：一、左右卫（由隋时左右翊府改称，唐初定名）、二、左右武卫（由隋时左右武卫府改称，唐初定名）、三、左右金吾卫（由隋时左右候卫府改称，唐初改名左右武候卫，龙朔二年定名左右金吾卫）、四、左右骁卫（由隋时左右骑卫府改称，唐初改名左右骁骑卫，龙朔二年定名左右骁卫）、五、左右威卫（由隋时左右领军府改称，唐初改名左右屯卫、左右武威卫，龙朔二年定名左右威卫）、六、左右领军卫（由隋时左右御卫府改称，唐初改名左右领军卫、左右戎卫，龙朔二年复名左右领军卫）。
唐折冲府分布图
以上合计十二卫，天下六百余折冲府都由这十二卫遥领，每卫大致下辖折冲府四十至六十府，诸折冲府到长安、洛阳轮番宿卫的府兵们皆受其统辖，卫戍都城和出征四方时都按照各卫统领序列执行军令，府兵和禁军由此合二为一。由于十二卫属于尚书省下的兵部直接管辖，而兵部位于长安皇城以南，所以称其为“南衙禁军”。
但是在提及大唐禁军制度时，都是称之为“南衙十六卫”、“北衙六军”，以及中后期的“左右神策军”，可上面介绍的南衙只有十二卫，那么其余的南衙四卫、以及其他禁军番号又是怎么一回事呢?
原来，在南衙禁军中，还有另外四卫，但不遥领折冲府府兵，也不执行卫戍京师、出征作战的任务，只负责守护皇帝、典仗宫门警卫的职责，这四卫是：一、左右千牛卫（由隋时左右备身府改称，唐初改名左右千牛府，龙朔二年时尚名左右奉辰卫，直到咸亨元年（670年）才改称左右千牛卫）、二、左右监门卫（由隋时左右监门府改称，唐初定名）。
这四卫也是属于兵部统管，所以被纳入“南衙”系统禁军中， 和上面的十二卫一起合称“南衙十六卫”，其中左右千牛卫属于皇帝亲军，负责贴身侍卫皇帝本人、出入侍从，左右监门卫则负责守卫长安、洛阳城中的皇宫门禁和其他各处皇家宫殿、御苑，检查出入皇宫的官员和其他宫中差役侍从进出宫门时的安全，相当于皇宫守卫。
而“北衙六军”则是由唐太宗在贞观初年设立，起初是从禁军中选取擅长骑射的士兵大约一百人，命名为为“百骑”，在皇帝出猎时随扈侍卫，平时则在皇宫北门玄武门驻守巡查，这就最初的北衙禁军。后来唐太宗于玄武门外另设左右屯营，从南衙诸卫中选优异者为将，起名为‘飞骑’，扩大了北衙禁军。龙朔二年（662年），唐高宗将左右屯营扩充为左、右羽林军，正式设立了北衙禁军，而“百骑”则逐步扩展为“千骑”、“万骑”。
南衙十六卫
此后在开元二十六年（738年），唐玄宗以“万骑”建左、右龙武军，至德二载（757年），唐肃宗又设置左、右神武军。至此，左右羽林军、左右龙武军、左右神武军全部建成，由于驻守在皇宫的北面，所以合称“北衙六军”。这个时候，“南衙十六卫”已经名存实亡，唐朝中枢最有威力的禁军，就是这北衙六军了。
而中晚唐以后，北衙六军也衰弱不堪，于是，设立于天宝十三载（754年）的边军之一——神策军，在永泰元年（765年）奉诏屯于长安禁苑，分为左右厢，正式成为天子禁军，并由宦官典军。从此后，唐朝中后期的朝廷禁卫军，就几乎由神策军全部担任，其他南北衙禁军，都成为了虚置其名的礼仪机构，作用微乎其微了。
南衙十六卫设立之初，各卫分别设置大将军一人，将军二人为本卫长官，其下还有中郎、中郎将、左右郎将、录事参军、仓曹、兵曹、骑曹、胄曹诸参军等职，而大将军基本上由开国重臣以及军中宿将担任，而且多有作为加官以彰显功臣们功劳的作用。中唐以后，在大将军之上再设上将军一人，为一卫最高长官，不过不常设，也是作为元勋重臣的加官。
所以，唐代朝廷重臣们出任过十六卫大将军的不计其数，每个时代都有不同的人担任过诸卫大将军，这份名单既长且杂，不是特别研究唐史和古代职官制度的专业人士，对这个名单不会有太多的兴趣，所以下面只截取了唐太宗至唐高宗以及武周时期，部分曾经担任过诸卫大将军的元勋重臣和军中宿将名单：左武候大将军齐国公长孙无忌、右武候大将军鄂国公尉迟恭、左骁卫大将军樊国公段志玄、左武卫大将军冀国公秦琼、右武卫大将军卢国公程知节、左卫大将军潞国公侯君集、右卫大将军霍国公柴绍、左领军大将军彭国公王君廓、右骁卫大将军郕国公契苾何力。
以上是唐太宗时期部分曾经担任过十六卫大将军的元勋重臣，其中某些人还多次调任其他卫担任大将军（比如程知节，先后任左领军大将军、左屯卫大将军、左卫大将军），转官各卫，以示尊崇。
程咬金
而在唐高宗以及武周时期，担任过诸卫大将军之职的元勋宿将有：左卫大将军卢国公程知节、左武卫大将军刑国公苏烈、右卫大将军闻喜郡公裴行俭、右威卫大将军平阳郡公薛礼、左骁卫大将军平原郡公程务挺、左卫大将军凉国公契苾何力、左武卫大将军燕国公黑齿常之、左骁卫大将军吴国公李孝逸、左卫大将军清源县男王孝杰。
和太宗时期一样，这些功臣们大都先后转官诸卫，出任过多卫大将军，以示尊崇和嘉勉。
唐朝南衙十六卫从建立之日起，就成为一个有效的、组织得力的军民合一军事机构，结合“府兵制”、“均田制”等制度，为大唐提供了规模庞大的“免费后备军”，是盛唐时期唐军东征西讨、平定四方、展示国威于四海的坚固支柱。但中唐以后，随着世家豪门土地兼并越来越激烈，“均田制”顷刻间便崩溃衰落，而建立在“均田制”基础之上的“府兵制”因为失去了存在的基础，也随之一并崩溃。
到唐玄宗开元中期时，各地折冲府已经无兵可调，府兵们纷纷逃亡散落，不再履行番上宿卫长安洛阳宫禁、以及出征作战的职责，唐朝只得施行募兵制，从民间招募士卒充实到“北衙六军”之中，作为新的中央禁军（此时还只有四军）。南衙十六卫也由于军队基础“府兵制”的破坏而失去了当年强悍的战斗力，沦为闲散衙门，被北衙禁军取代了原本担任的警备、作战、值守任务，慢慢地退出了实际意义上的军事政治舞台。
虽然终唐一世，南衙十六卫番号没有被取消，但其诸卫大将军之职已经成为元勋武将的升迁、加官虚衔，作为皇帝仪仗护卫而已，没有了实际作用。
虽然南衙十六卫禁军制度在中唐以后逐渐衰落乃至名存实亡，但他在建立初期帮助大唐皇帝和朝廷稳定社稷、巩固朝纲、平定四方的作用是不可忽略和替代的，在一定程度上，十六卫禁军是大唐立国和发展的重要基础。皇帝、百姓、军队三者间的利益平衡和发展，初唐中枢朝堂的诏令施行、中央集权的建立和稳固，都离不开建立于“均田制”、“府兵制”基础之上各种法令制度，而南衙十六卫军事制度，就是其中最重要的一环。