患有卵巢囊肿几乎没有任何不适症状，很多卵巢囊肿是通过体检时被发现的。
卵巢囊肿分为生理性、病理性两种，要根据原因来进行治疗。
生理性囊肿，是指排卵以后形成的黄体囊肿，一般的会小于五公分，如果是炎症原因造成的，可以通过抗生素或者是一些中成药进行治疗。如果是卵巢的肿瘤样变，比如说是黄素囊肿或者是卵泡膜囊肿，就可以通过调整内分泌的方式来进行治疗。此时可观察2-3个月，也可以用短效避孕药2-3个月。如果2-3个月左右囊肿明显缩小或消失，则属于生理性卵巢囊肿，多见于未破裂卵泡黄素化综合征。
如果2-3个月囊肿持续存在，或者持续增大，可能属于病理性囊肿，需检查相关肿瘤标记物，最常见黏液性囊腺瘤及浆液性囊腺瘤。
有一种卵巢囊肿叫做畸胎瘤，畸胎瘤一般来说是良性的，但偶尔也会出现恶性的。而且畸胎瘤本身不会自行消失，还有可能不断的生长，所以要注意观察，如果增长速度快或者较大，建议尽早手术。在手术之后，一定要重视病理结果。根据病理结果决定下一步治疗方法。
还有比较多见的巧克力囊肿，也叫做子宫内膜异位囊肿。这种囊肿会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织造成卵巢组织不可逆的损害，并与周围组织发生粘连。这种囊肿被称作不死的癌症，意思是说它的性质是良性的。但却像癌症一样很难治愈，一般即使手术之后很快就会复发，如果有生育要求，建议在手术之后尽快怀孕。如果没有生育要求，术后进一步药物治疗减少复发的几率。
最后一种是浆液性囊腺瘤，这种囊肿是不会自行消失的，也需要手术切除。
如果确诊是病理性卵巢囊肿，即使肿瘤标记物正常，但囊肿超过5cm即存在手术指征。比如卵巢巧克力囊肿、卵巢畸胎瘤，一旦发现大于5公分就可能要采取手术治疗。囊肿不太大，可通过腹腔镜来做手术。在术中，如果怀疑为恶性的卵巢囊肿，一定做冰冻病理，等待结果后再决定手术的方式。如果术前怀疑为卵巢恶性肿瘤，建议做开腹手术。
如果卵巢囊肿破裂或出现蒂扭转等急腹症时，应及时进行手术治疗。